Program Magister dan Doktor Studi Kebijakan (MDSK) / Magister dan Doktor Kepemimpinan dan Inovasi Kebijakan (MDKIK) UGM telah banyak melakukan kerjasama kelembagaan dengan sejumlah lembaga pemerintah di pusat, pemerintah daerah, lembaga bisnis, dan LSM untuk pengembangan pendidikan bergelar (program master dan doktor) dan pendidikan yang tidak bergelar (kursus atau lokakarya).
Sejumlah kerjasama yang pernah terjalin misalnya dengan Kementerian Ketenagakerjaan, BKKBN, dan Pefindo. Kerjasama dengan lembaga-lembaga internasional pernah terjalin, misalnya dengan Bank Dunia, Ford Foundation, UNICEF, dan ILO. Kerjasama dengan pemerintah daerah pernah dilakukan dengan pemerintah Daerah Kabupaten Kutai Kertanegara, Kabupaten Talaud, Kabupaten Fak Fak dan Kabupaten Bintuni, Kabupaten Klaten, serta Kabupaten/Kota di lingkungan Daerah Istimewa Yogyakarta.
MDSK/MDKIK sangat terbuka untuk melakukan kerjasama dengan semua lembaga baik untuk tujuan untuk mendidik calon Magister dan Doktor, untuk melatih ketrampilan dalam pengembangan perencanaan sosial atau dalam analisis kebijakan, dan peningkatan kualitas kepemimpinan di organisasi, maupun untuk melakukan advokasi kebijakan.